Ontologie is een tak van de filosofie die zich bezighoudt met de vraag wat bestaat. De term is afkomstig van het Grieks, waar het een samentrekking is van ón (= het zijnde), en logos (= woord, leer). Ontologie betekent dus zijnsleer. Het is de filosofische theorie van dat wat bestaat, of eerder, ontologie is een mentale ordening van dat wat bestaat. En die ordening zetten we om in taal. 

Klassieke filosofen namen aan dat hun mind vanuit zichzelf in staat was te achterhalen wat er allemaal bestond. Klassieke filosofen zoals Plato en Aristoteles probeerden een ordening te maken van alles wat bestond en ze deden dat door dingen te benoemen. Dingen benoemen, is een talige activiteit. Door op zoek te gaan naar eigenschappen van entiteiten (hun vermeende essentie) en de verschillen te benoemen, namen ze aan dat ze erin slaagden entiteiten van elkaar te onderscheiden. Aan die benoemde en gedefinieerde entiteiten kenden ze een bestaan toe. Filosofen zoals Plato en Aristoteles zagen hun vermogen om te denken in taal als voldoende bewijs om het vermeende bestaan van dingen te rechtvaardigen. 

Filosofen zoals Nietzsche en Derrida trokken echter de geldigheid van ons talig denken in vraag. 

Dat niet alles wat we kunnen denken en benoemen echt bestaat, is een belangrijk inzicht. Plato maakte de fout om te geloven dat dingen bestonden louter omdat hij ze kon bedenken. Deze denkvorm heet mentalisme. Mentalisme veronderstelt het bestaan van mentale representaties van dat wat we door middel van taal als entiteit benoemen. Dat we woorden kunnen verzinnen voor gefabriceerde mentale concepten, betekent nog niet dat die concepten overeenstemmen met iets wat daadwerkelijk in de fysische realiteit bestaat. Maar hoe kunnen we weten of wat we denken dat bestaat, ook écht bestaat? 

Ontologie is een vorm van classificeren of ordenen. Een ontologie is een ordening van dingen die een bepaalde mind als ‘zijnde’ erkent. Het is een classificatie van dingen waar het denkende subject een taalsysteem voor heeft ontwikkeld, met definities om dat wat de mind van elkaar onderscheidt mee te ordenen. Ontologie behoort tot het domein van de metafysica. Er zijn meerdere mentale ordeningen mogelijk. We kunnen aan meerdere entiteiten een bestaan toekennen. Los van het feit of die entiteiten echt bestaan of niet.

Filosofische systemen hebben een bepaalde ontologie. Een filosofie is een denksysteem. Het is een taalsysteem waarmee je de specifieke ontologie van een specifieke mind leert kennen. De filosofische methode leidt tot metafysische ontologieën. Metafysica onderscheidt zich van fysica. Metafysica is de filosofische leer die op zoek gaat naar de aard van het ‘zijn’. Fysica daarentegen is de wetenschappelijke leer die de werkelijkheid onderzoekt zoals we daar door middel van zintuiglijke waarneming kennis van nemen.

Het wetenschappelijke taalsysteem is eveneens een ontologisch systeem. Standaardtheorie bijvoorbeeld is een ordening van entiteiten. Het is een ordening van dingen (deeltjes) die natuurkundigen als bestaand beschouwen, niet omdat ze het kunnen bedenken, maar op basis van empirische waarneming. Op basis van observatie, onderscheiden fysici deeltjes van elkaar, ze benoemen de deeltjes en bestuderen  de eigenschappen van die deeltjes.  Dit resulteert in een fysische ontologie.

Het verschil tussen de filosofische methode is dat je eender wat kunt bedenken en daar een bestaan aan toe kunt kennen. De wetenschappelijke methode vraagt om empirische toetsbaarheid. Dat wat je benoemt heeft een referent nodig dat door meerdere mensen zintuiglijk waarneembaar moet zijn. Het criteria om dingen als bestaand te erkennen, berust dus niet louter op talige argumenten, maar op een gedeeld waarnemingsvermogen van de mens. 

Een ontologie is een theorie over de werkelijkheid. Wanneer observatie in strijd is met ontologische ordeningen, hebben we een nieuwe ordening nodig, een ordening die wel in overeenstemming is met de waarneembare realiteit. Iets dergelijks deed zich voor toen de klassieke mechanica vervangen werd door de kwantummechanica. Mensen als Albert Einstein, Heisenberg en Richard Feynman werkten aan een nieuw ontologisch systeem. De wetenschappelijke methode veronderstelt het streven naar een ontologisch ordeningssysteem (dingen waar we naar verwijzen) die zo goed mogelijk in overeenstemming is met dat wat we kunnen observeren. Dat waar we consensus over kunnen bekomen dat het bestaat.

Het is mogelijk om tal van fictieve of metafysische ordeningen te verzinnen. Het is mogelijk anderen ervan te overtuigen om het bestaan van fictieve ordeningen te accepteren. De mens denkt in mentale ordeningen, het is hoe de mens de wereld classificeert. Het creëren van ordeningen is iets wat de mens individueel kan doen, maar ook in contact met elkaar.

Wanneer een groep mensen overtuigd is van dezelfde mentale ordening kunnen ze de werkelijkheid vorm geven in dienst van hun ontologie. Wat ze maken, en het gedrag dat ze uiten, komt voort door wat ze geloven dat bestaat. Het is er een reactie op.

Voor ons eigen welzijn en dat van anderen is het beter als dat wat we geloven dat bestaat in overeenstemming is met dat wat ook werkelijk bestaat. Het is relevant om dingen die een reële bedreiging voor ons zijn te vermijden, en dingen na te streven die ons bestaan bevorderen en onze levenskwaliteit verbeteren. De grootste bedreiging voor de mens is de mens zelf. We zijn een sociaal wezen, dat samenleven met andere mensen. Wanneer we een bestaansorde baseren op basis van een gedeeld waarnemingsvermogen, is dat een beter criterium dan wanneer we ons louter op een filosofisch-talige argumentatie beroepen, eenvoudig weg omdat het in principe voor ieder mens controleerbaar is om de redenen voor de bestaansorde te controleren. 

Dat mensen in de praktijk (door verschillen in wat ze hebben geleerd) overtuigd zijn van mentale ordeningen die niet op waarneembare criteria stoelen, is jammer. Bepaalde denksystemen, zetten immers aan tot geweld tegen andere groepen mensen, of tot vernieling van onze leefomgeving.