De classificatie van levende organismen in soorten is een mentale ordening van de mens. De mens observeert levende organismen en tracht op basis van de overeenkomsten en verschillen die hij observeert dat wat hij ziet onder te verdelen in categorieën. Die categorieën geeft hij een naam.

Er zijn drie belangrijke criteria waarop biologen soorten van elkaar trachten te onderscheiden.

1. Morfologie
2. Genetica
3. Interbreeding

Dit zijn alle drie handige en bruikbare criteria maar geen van deze criteria leidt tot een probleemloze classificatie. Dat komt doordat levende organismen onderhevig zijn aan verandering. Wij zelf zijn een product van die voortdurende verandering. Het feit dat we überhaupt in staat en zo sterk de behoefte voelen om dat wat we kunnen observeren te benoemen door middel van taal en in een overzichtelijke ordening te gieten, is een effect van evolutionaire verandering in levende materie. 

1.1 Morfologie

Er zijn zoals gezegd drie belangrijke criteria waarop biologen soorten van elkaar onderscheiden. Biologische taxonomie gebeurt ten eerste op basis van morfologische verschillen. Door te kijken naar overeenkomsten in lichaamsvorm en structuur kunnen levende organismen van elkaar kunnen worden onderscheiden. Het verschil tussen een hond, een hyena en een vos kunnen bijvoorbeeld op basis van uiterlijke kenmerken worden gemaakt.

[afbeelding]

Het onderscheid tussen insecten, fungi en bacteria is dan weer moeilijker te bepalen op deze manier. Vanuit ons standpunt lijken ze veel meer op elkaar. 

Een tweede manier om soorten van elkaar te onderscheiden, is door te kijken naar de onderliggende genetica. Als het zo zou zijn dat organismen van een bepaalde soort genetisch meer op elkaar zouden lijken, dan organismen van andere soorten, zou dit een ideaal criterium zijn. Dat blijkt alleen niet zo te zijn. De genetische variatie tussen verschillende populaties van een bepaalde soort fruitvlieg verschilt meer van elkaar dan de genetische variatie tussen verschillende soorten fruitvliegjes. Een biologische classificatie op basis van genetica is dus eveneens bruikbaar, maar de methode is niet zonder problemen.

Een derde criterium om soorten van elkaar te onderscheiden, is op basis van seksuele reproductie. Levende wezens behoren volgens dit criterium tot dezelfde soort als ze zich onder natuurlijke omstandigheden voortplanten en vruchtbaar nageslacht kunnen produceren. Twee individuen moeten dus in staat zijn om zich te reproduceren en het product daarvan moet op zijn beurt nageslacht kunnen voortbrengen. Paarden en ezels bijvoorbeeld zijn in staat om nageslacht te produceren. De nakomeling van een paardenmerrie met een ezelhengst wordt een muildier genoemd, de nakomeling van een ezelin met een paardenhengst is een muilezel. Maar muilezels en muildieren zijn steriel, ze zijn niet in staat om zich verder voort te planten. Ezels en paarden behoren daarom tot verschillende soorten. Leeuwen en tijgers daarentegen worden eveneens als verschillende soorten beschouwd, maar zij zijn wel in staat om onderling vruchtbaar nageslacht te creëren. Het is alleen iets wat ze in het wild niet doen. Zowel hun (seksuele) gedrag als de omgeving of habitat waarin ze leven verschillen waardoor ze uit zichzelf nooit bij elkaar in de buurt zouden komen.

Soorten worden binnen deze definitie niet enkel van elkaar gescheiden doordat ze fysisch niet in staat zijn om met elkaar voort te planten of omdat ze genetisch niet compatibel zouden zijn, ook andere factoren zoals gedrag en omgeving kunnen reproductie tussen soorten in de weg staan.

Evolutie doet zich voor binnen populaties. Een populatie bestaat uit alle zich potentieel voortplantende individuen van een habitat, en die basis populatie van de natuur noemen we een soort.  

Een nadeel aan interbreeding als criterium is dat de meeste diersoorten zich niet voort planten door seksuele reproductie, maar door zich asexueel te clonen, door middel van zelfbevruchting of op andere manieren. Ook dit criterium is dus feilbaar. 

Dat biologen grenzen bepalen om soorten van elkaar te onderscheiden, is leerzaam, maar het is geen vanzelfsprekende taak met een heldere uitkomst. Evolutie is een proces dat zich over een lange periode volstrekt; evolutie gebeurt gradueel. Het is daarom moeilijk te bepalen wanneer er precies een andere soort ontstaat. Over de meeste dingen kunnen biologen het relatief snel eens raken, de classificatie gebeurt tenslotte op basis van observeerbare verschillen maar andere vraagstukken blijven open voor discussie, omdat er nu eenmaal meerdere manieren zijn om een ordening te maken. Er is niet noodzakelijk één juiste. Het beste wat we kunnen doen, is zo veel mogelijk data verzamelen, die data observeren en argumenteren waarom we een bepaald organisme op een bepaalde manier zouden classificeren. 

Veranderingen in soorten ontstaan door mutaties. Mutaties zijn kleine afwijkingen of ‘foutjes’ bij het kopiëren van het genetisch materiaal. Genen zijn in staat om zichzelf te kopiëren. Dat doen ze over het algemeen vrij nauwkeurig, maar soms wordt er een stukje dubbel gekopieerd of verkeerd overgeschreven waardoor er op lange termijn variaties kunnen ontstaan. Die variaties ontstaan door het proces van natuurlijke selectie.

Voor evolutie zijn enkel de mutaties die in de gameten of in de gespecialiseerde cellen die gameten produceren van belang. Dat zijn immers de mutaties die aan het nageslacht worden doorgegeven.

Mutaties ontstaan willekeurig, het zijn toevallige verwerkingsfoutjes in het complexe kopieerproces van DNA en RNA molecules. Aangezien het afwijkingen zijn van de normale code, leveren veel mutaties een ongunstig effect op voor de nakomelingen. Die effecten kunnen ervoor zorgen dat de nakomelingen minder succesvol zijn bij het vinden van een partner of om te overleven. Wie zich niet reproduceert, kan zijn genetisch materiaal niet doorgeven en dan worden de mutaties ook niet verder verspreid. Andere mutaties hebben weinig effect op de overlevingskansen van het individu. Zij worden doorgegeven maar hebben op dat moment nog geen gevolgen voor het succes van de drager van de mutatie. We noemen ze neutraal. Daarnaast zijn er natuurlijk ook mutaties die wel een gunstig effect opleveren, omdat ze er toevallig voor zorgen dat het organisme beter aangepast is aan zijn omgeving dan zijn soortgenoten, of omdat het seksueel aantrekkelijker is voor zijn soortgenoten en daardoor meer nakomelingen produceert. Deze mutaties raken sneller verspreid en leveren uiteindelijk variatie op in de genenpoel. Na een hele reeks mutaties kan dat ertoe leiden dat een bepaald levend organisme zich niet langer voortplant met exemplaren van de oudere vorm maar alleen nog zijn eigen variant prefereert. Hij behoort dan tot een andere soort.

Evolutie doet zich dus niet voor bij individuen. Het is een proces waarvan de effecten pas na verloop van lange tijd zichtbaar zijn. Verschillende soorten zijn niet iets wat van de ene op de andere dag ontstaan. Wanneer we als mens levende organismen bekijken op een bepaald punt in de tijd en in een bepaalde omgeving, kunnen we die vergelijken met andere levende organismen die op andere locaties of op andere momenten in de tijd (hebben) bestaan.

Het is pas door het vergelijken van populaties in tijd en ruimte dat we ze als verschillende populaties kunnen classificeren en we hun evolutieproces kunnen traceren. Niet alle soorten zijn op hetzelfde moment ontstaan, niet alle soorten evolueren even snel en het evolutieproces is nog steeds gaande. Het exacte moment waarop een bepaald exemplaar tot de ene of de andere soort wordt gerekend, is daardoor moeilijk te bepalen, en dat zorgt ervoor dat er discussies kunnen bestaan tussen verschillende biologen over de soort waartoe een bepaald levend organisme behoort.

De manier waarop we soorten classificeren, heeft invloed op onze definitie van de mens.

Volgens biologische classificatie behoort de homo sapiens tot het geslacht Homo, de familie Hominidae, de orde van de primaten, de klasse van de zoogdieren of mammalia, de stam van de chordata en het rijk van de dieren.

We zouden ons kunnen afvragen of er een genetische of biologische essentie bestaat voor de Homo sapiens. Essentialisme is een filosofische overtuiging die stelt dat er bepaalde kenmerken zijn die bepalen wat iets is. Essentialisten zoals Aristoteles, Linnaeus en Locke hielden zich bezig met de vraag wat de essentie was van de mens. Biologische processen zoals mutaties gaan echter in tegen het geloof in essentialisme. Essentialisme stelt dat er bepaalde eigenschappen zijn die alle leden van een bepaalde soort zouden delen. Mutatie zorgt er echter voor dat het mogelijk is dat er een nieuw kenmerk is dat in één exemplaar van een soort verschijnt, wat niet gedeeld wordt met de andere. Omgekeerd, als een bepaalde eigenschap niet voorkomt binnen één exemplaar van een bepaalde soort, dan kan die eigenschap niet de essentie van de soort zijn. Recombinatie is daarom een ander biologisch fenomeen wat tegen essentialisme pleit. Recombinatie wijzigt DNA niet, maar het reorganiseert het op zo’n manier dat een bepaalde eigenschap in de volgende generatie kan zijn verdwenen.

Mensen zijn vrij om te filosoferen over de vraag wat de essentie is van de mens, of wat het betekent om een mens te zijn. Maar vanuit biologisch standpunt zijn er weinig overtuigende redenen om überhaubt in een essentie te geloven. Vanuit biologisch standpunt zijn we mensen omdat we een bepaalde evolutionaire geschiedenis met elkaar delen.